由于入河排污口设置管理职责由水利部门划转至生态环境部门，目前各级已基本完成职能划转和工作交接。山东省生态环境厅指出，各级生态环境部门或者承担入河排污口审批工作的行政审批服务部门应当主动对接水利部门或者河道管理机构，做好入河排污口设置的申请受理及审批工作，积极为入河排污口申请单位做好服务，按时办结行政许可事项。除由流域水环境管理机构审批的排污口外，全省入河排污口实行与建设项目的环境影响评价文件同级审批。

入河排污口审批权限已下放至市、县(市、区)的，由市、县(市、区)入河排污口审批部门进行审批。国家级、省级水功能区原则上不再设置排污口，特殊情况下需要设置排污口的，应当征求山东省生态环境厅意见。

入河排污口设置申报单位在环境影响评价文件申报前，将入河排污口设置申请书、建设项目依据文件和《入河排污口设置论证报告》提交入河排污口审批部门。入河排污口审批部门接到申请后，应当在规定时间内进行审批。

入河排污口统一使用省级编码规则重新编码，已备案入河排污口的企事业单位，由于搬迁等原因导致入河排污口废弃或者拆除的，由县级生态环境部门将排污口拆除前、拆除后照片等相关证明材料逐级报至市级、省级生态环境部门予以撤销备案，不再列入监管范围。入河排污口设置单位应当将排污口及时拆除并恢复原状。

山东省生态环境厅要求，对于企业数量多、排水量小且独立排放的产业集聚区，应当采取明渠、管道等措施，将企业达标排放的废水进行汇合排放，进一步减少入河排污口数量，提高监管实效。